Le Manoir date de la fondation du bourg de Saint-Prex en 1234

Pour le visiteur qui pénètre dans le bourg par la belle porte surmontée de la tour de l’horloge, le lac est entièrement caché par une large demeure, protégeant la rue principale contre les vents. Le Manoir, appelé à l’époque le « petit château »,  a  joué un rôle stratégique dans le bourg dès cette époque par sa situation géographique à la pointe de la presqu’île de Saint-Prex.